Kyrkja har vore ombygd fleire gonger. Då målinga frå 1862 vart fjerna, kom det m.a. til syne ei rekkje med "noteteikn" - neumer, måla direkte på veggen. Desse er tolka og bearbeidde, og finst no som hymne i den nye salmeboka for Den norske kyrkje på nr. 197. Komponisten Arne Norheim vart også inspirert av neumene og lyden i dei gamle mellomalderklokkene i Kaupanger stavkyrkje, og komponerte ut frå dette verket "Klokkesong", som vart urframført i kyrkja i 1984. Les meir her.

Kaupanger

Namnet Kaupanger tyder på at det alt frå gamal tid har lege ein kaupang (kjøpstad) her. Amlabukta er ei naturleg og lun hamn med smalt løp inn frå storfjorden, og hamna har alt frå gamal tid vore eit knutepunkt for handel. Kaupanger var administrasjonsstad i mellomalderen. Sverresoga fortel at det var der syslemannen og følgjet hans heldt til i jula 1183. Dei kravde ekstra ytingar til julegjestebod for seg og følgjet sitt. Bøndene reagerte og gjorde opprør, og Sverre sin syslemann, Ivar Dape vart drepen. Sverre tok hemn og var tilbake med mennene sine i 1184, då han herja og brende gardane til bøndene.

Slaget ved Fimreite.

Der fleire fjordarmar møtest utanfor inngangen til Sogndalsfjorden, sto i 1184 eit av dei viktigaste sjøslaga i Noregshistorien. Sverre Sigurdson, var utropt til kongsemne på Øretinget i 1177, og to år seinare vann han det første av fleire slag om kongemakta. I 1184 sto det endelege slaget ved Fimreite. Her fall kong Magnus Erlingsson, som var dotterson av Sigurd Jorsalfar, saman med 1800 andre – av den nesten samla lendmannsadelen i landet. Kong Sverre vart dermed konge med herredøme over heile Noreg, fram til han døydde i Tunsberg i 1202. I skriftlege kjelder finn vi at også hovdingsonen Munan av Ornes kjempa i Fimreite-slaget mot birkebeinarane og kong Sverre. Les meir her.